No sabe como insertar un header en Flash en su Template Joomla? 

* En primer lugar cargue el archivo Flash, en el directorio del template. 

* Ahora abra el archivo index.php del template, con el Bloc de notas o un editor de su eleccion e incluir el siguiente codigo donde quiera que aparezca el Flash...

<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="100" height="50">
 <param name="movie" value="aqui el nombre del archivo flash.swf">
 <param name="quality" value="high">
<embed src="/aqui el nombre del archivo flash.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="100" height="50"></embed>
  </object>

no olvide cambiar lel tamaño del archivo...